1、短段木栽培靈芝當菌蓋不再增大,蓋面色澤同菌柄,蓋邊緣有同蓋色澤一致的卷邊圈,有褐色孢子飛散,蓋背面色澤一致時便可採收。從芝蕾出現到採收一般要40~45天。採收時可用剪子或手將芝體從菌柄基部剪下或摘下。
2、剪下芝體後的剩餘菌柄亦應摘除,否則很快從老柄上方長出朵形很小或畸形芝體。第一批子實體採收後,不久會出現第二批芝體,依短段直徑大小不同,可收靈芝2~3年。袋栽和瓶栽靈芝的採收加工與段木栽培靈芝相同。