1、軍機處職能原爲承名擬旨,參與軍務,後逐漸演變爲全國政令的策源地和行政中心,其地位遠遠高於作爲國家行政中樞的內閣。
2、軍機處職掌着每日晉見皇帝,共商處理軍國大事,並奉旨對各部門各地方負責官員發佈指示的重要使命。
3、根據內閣制度,下屬官員有事題奏,或皇帝頒發詔旨,都是經過層層機構,輾轉交送。軍機處則不然,一切均由大臣和章京通同辦理,皇帝有諭,隨時奉詔承辦,而且必須當日事當日畢。
4、軍機處實行了嚴格的歸檔保密規定,還設有專門的檔案房,有專職的保密人員管理檔案,爲後代留下了許多難得的珍貴史料。
5、集權專制,軍機處行走大臣也只是跪受筆錄並無實際權力。