1、編制不同:公安派出所是地方編制,邊防派出所是武警編制;
2、任務不同:公安派出所的主要任務是維護社會治安,開展社會治安綜合治理,邊防派出所的主要任務是以反走私、反偷渡,維護邊境安全和國家利益爲主要任務的;
3、經費來源不同:公安派出所的經費來源只要是地方政府撥款,邊防派出所的的經費來源是由國家軍費列支;
4、兩者身份不同:公安派出所人員是國家公務員,邊防派出所人員是現役軍人。