微生物可以分爲原核微生物、真核微生物和病毒三大類。
1、原核微生物：無核膜，核物質裸露在細胞質中，不進行有絲分裂。包括細菌、放線菌、立克次氏體、支原體、衣原體和藍細菌；
2、真核微生物：具有真正的細胞核。包括酵母菌、黴菌和大型真菌。大型真菌包括各種蘑菇、蕈、靈芝等；
3、病毒：超顯微的，沒有細胞結構的專性活細胞寄生的大分子微生物；
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