辣椒爛根在發現病株及時拔除銷燬，其他植株加以藥物防治，以預防爲主，防治爲輔。辣椒爛根防治技術：合理選擇苗牀：苗牀應選擇地勢高燥、避風向陽、排灌方便、土壤肥沃、透氣性好的無病地塊。爲防止苗牀帶入病菌，應施用腐熟的農家肥。
苗牀處理：播前苗牀要充分翻曬，舊苗牀應進行苗牀土壤處理。常用百分之五十多菌靈可溼性粉劑每平方米苗牀8到10克，加細土5000克，混合均勻。取1三分之一藥土作墊層，播種後將其餘三分之二藥土作爲覆蓋層。
種子消毒：用百分之四十甲醛100倍液浸種30分鐘後沖洗乾淨或
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