1、形態不同。
裸子植物:種子裸露,沒有皮包裹,裸子植物它們有胚珠(不同於蕨類植物門),但心皮不包成子房,且胚珠裸露,胚乳(即雌性原葉體)在受精前已形成(不同於被子植物門)。
被子植物:被子植物種子是由果皮包裹着的。
2、種子胚數不同。
被子植物種子內通常只有一個胚,裸子植物大多數種子內有強烈的多胚現象。
3、花不同。
裸子植物,有孢子葉球,而無真正的花。
被子植物,具有真正的花,被子植物在形態上具有不同於裸子植物所具有的孢子葉球的花。