早年時期
康熙二十二年（1683年），倉央嘉措出生在藏南門隅達旺納拉山下的宇鬆地區鄔堅嶺一信奉藏傳佛教寧瑪派紅教的家庭，父親扎西丹增，母親次旺拉姆。倉央嘉措的本籍是門巴族。倉央嘉措是唯一一位非藏族或蒙古族出身的達賴喇嘛。倉央嘉措原名計美多吉協加袞欽，自幼隨母親勞動。但是早在康熙二十一年（1682年）二月二十五日的時候，在剛剛重建竣工的布達拉宮裏，五世達賴羅桑嘉措圓寂，他的親信弟子桑傑嘉措，爲了繼續利用五世達賴的權威掌管藏傳佛教格魯派（黃教）事務，祕不發喪，向外界宣佈，達賴喇嘛已“入定”，進行無限期的修行，靜居高閣，不見來人，一切事務均由“第巴”負責處理。在藏語裏，第巴的意思是由達賴任命、管理衛藏行政事務的最高官員，俗稱“藏王”，當時的第巴就是桑傑嘉措。桑傑嘉措一面欺瞞僧侶民衆和康熙皇帝，一面迅速派人到民間尋找轉世靈童，這樣，日後一旦真相敗露，也能馬上迎六世達賴入宮。尋找轉世靈童的地點，選在了西藏南部門隅納拉山下，這裏偏僻、安定，容易保守祕密，並且那裏的人們大多信奉紅教，即藏傳佛教的寧瑪派，誕生一個黃教教主出來，將有利於黃教勢力的擴大。按照當時黃教的規矩，哪個嬰兒抓取了前世達賴的遺物，即證明是達賴轉生。一名叫倉央嘉措的農奴之子就這樣被選中，但桑傑嘉措的使者並沒有把意圖告訴孩子的父母。
康熙二十四年（1685年），桑傑嘉措找到倉央嘉措。
康熙三十五年（1696年），康熙皇帝在平定準噶爾的叛亂中，從俘虜那裏偶然得知西藏五世達賴已圓寂多年。蒙古準噶爾部的首領是噶爾丹，他早年赴西藏“投達賴喇嘛，習沙門法”，與當時正在學習的桑傑嘉措過往甚密。兩人分別執掌蒙藏大權後，桑傑嘉措一直期望聯合噶爾丹的部隊增強黃教的實力。因此準噶爾部的俘虜才知曉拉薩的內幕。康熙十分憤怒，致書嚴厲責問桑傑嘉措。桑傑嘉措一面向康熙承認錯誤，一面派人去門巴迎接轉世靈童。
康熙三十六年（1697年），倉央嘉措被選定爲五世達賴的“轉世靈童”，此時倉央嘉措已14歲。時年九月，自藏南迎到拉薩，途經浪卡子縣時，以五世班禪羅桑益喜（1663—1737年）爲師，剃髮受沙彌戒，取法名羅桑仁欽倉央嘉措。同年十月二十五日，於拉薩布達拉宮舉行坐牀典禮，成爲六世達賴喇嘛。
喇嘛時期
在布達拉宮，倉央嘉措受到嚴格監督學經修道，他常走出庭院散心，而那些年老的經師則亦步亦趨地跟隨着他，懇求他繼續學經，生怕被第巴責罵。倉央嘉措出身紅教家庭，紅教教規並不禁止僧侶娶妻生子，而黃教則嚴禁僧侶接近女色，更不能結婚成家。對於種種清規戒律繁文縟節，倉央嘉措難以適應。
倉央嘉措雖有達賴喇嘛之名，卻並無實權。第巴獨掌大權已久，達賴喇嘛只能作爲傀儡存在。生活上遭到禁錮，政治上受人擺佈，倉央嘉措內心抑鬱，索性縱情聲色，這既出於他對自由與愛情的嚮往，也是他對強加的戒律和權謀的故意反叛。就像他那首著名的詩歌寫的：“住進布達拉宮，我是雪域最大的王。流浪在拉薩街頭，我是世間最美的情郎。”據傳說記載，他一到晚上就化名達桑旺波，以貴族公子的身份，流連於拉薩街頭的酒家、民居，再後來，竟“身穿綢緞便裝，手戴戒指，頭蓄長髮，醉心於歌舞遊宴，夜宿於宮外女子之家。”
政治衝突
此時的西藏，政局動盪，政治矛盾已到達了極其尖銳的時期。早在明末清初，黃教爲取得西藏統治權，聯合蒙古四部之一的和碩特部，用武力擊敗了當時執政西藏的藏巴汗及噶瑪噶舉派。但和碩特部軍隊在西藏取得勝利後，長期屯駐當地不退，黃教與和碩特部實力懸殊，始終不能奪回大權。五世達賴圓寂後，桑結嘉措便開始了與和碩特汗王的鬥爭。如今的一些藏族歷史研究者認爲，桑結嘉措受到歷代詬病的行爲，都是爲了擊敗和碩特部以獲得民族自治，比如密不發喪，以五世達賴名義向清政府請封爲王，藉助準噶爾軍事力量等等，不能簡單地視作個人篡權陰謀。
康熙四十年（1701年），固始汗的曾孫拉藏汗繼承汗位，與第巴（即藏王）桑結嘉措的矛盾日益尖銳。
康熙四十四年（1705年），桑結嘉措終於決定先下手爲強，他祕密派人在和碩特首領拉藏汗的飯中下毒，卻被發現，拉藏汗大怒，立刻調集大軍擊潰藏軍，殺死桑結嘉措，並致書清政府，奏報桑結嘉措謀反，又報告說桑結嘉措所立的六世達賴倉央嘉措沉溺酒色，不理教務，不是真正的達賴，請予貶廢。康熙皇帝於是下旨：“拉藏汗因奏廢桑結所立六世達賴，詔送京師。”
晚年圓寂
據傳在康熙四十五年（1706年），倉央嘉措在押解途中，行至青海湖濱時，坐下打坐，因此圓寂。
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