登基過程
晉孝武帝司馬曜，字昌明，生於晉哀帝隆和元年（362年）。他的祖父是東晉開國皇帝晉元帝司馬睿，父親是會稽王司馬昱（後來的簡文帝），母親是李陵容（孝武文太后）。司馬昱共有七個兒子，但前五個都早亡，只有司馬曜和胞弟司馬道子存活下來。
興寧三年（365年）琅玡王司馬奕繼承皇位後，司馬昱徙封琅玡王，四歲的司馬曜則繼其父會稽王之位。
太和六年（371年）十一月，大軍閥桓溫帶兵入京，發動宮廷政變，透過崇德太后褚蒜子之命廢司馬奕爲東海王，並擁立琅玡王司馬昱即皇帝位，是爲晉太宗簡文帝，司馬曜也就成爲皇子。
東晉自司馬睿開國江左以來，一直處於士族門閥的輪流支配之下，形成門閥政治的格局，而除了元帝司馬睿、明帝司馬紹稍有作爲以外，其他皇帝都是幾乎傀儡般的存在。到了簡文帝司馬昱時，這種皇權不振、士族專權的局面更達到極點，桓溫完全掌控了朝廷大政，連謝安都視其爲“君”，史稱“政由桓氏，祭則寡人”，而他的野心則是要簡文帝“禪位於己”，達到傾移晉鼎的目的。簡文帝登基僅八個月便得了重病，於鹹安二年（372年）七月二十三日連發四詔，催促尚居姑孰的桓溫入朝輔政，桓溫故意推辭；五天後，簡文帝病情加劇，遂冊封會稽王司馬曜爲皇太子，並遺詔“大司馬溫依周公居攝故事”，又說：“少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”此時的晉朝國運可以說到了千鈞一髮的地步，因爲桓溫完全可以憑藉簡文帝遺詔而篡晉自立，這是其他士族所不願看到的。因此，出身太原王氏的侍中王坦之當着簡文帝的面撕掉了這封詔書，簡文帝被迫同意將遺詔改爲“家國事一稟大司馬，如諸葛武侯（諸葛亮）、王丞相（王導）故事。”隨即簡文帝駕崩。但羣臣中仍有懾於桓溫淫威的人提議：““當須大司馬處分。”出身琅琊王氏的尚書僕射王彪之正色說：“天子崩，太子代立，大司馬何容得異？若先面諮，必反爲所責。”於是朝議確定，皇太子司馬曜登基爲帝，是爲孝武帝。崇德太后又以司馬曜年幼，又在爲大行皇帝服喪爲由，再次命桓溫行周公居攝故事，命令下達後，王彪之說：“此異常大事，大司馬必當固讓，使萬機停滯，稽廢山陵，未敢奉令，謹具封還。”此令遂未施行。就在晉室命懸一線、不絕如縷的關鍵時刻，各家士族門閥聯手阻止了桓溫篡晉的陰謀，確保了司馬曜的順利即位及東晉王朝的延續。
孝武帝司馬曜剛繼位三個月，就發生了道教徒盧悚率衆三百人攻入建康殿庭，掠取武庫兵器，欲復辟海西公司馬奕的變亂。此亂矛頭直指桓溫，客觀上增加了王、謝等士族抗拒桓溫的效果。桓溫在寧康元年（373年）二月自姑孰入京，風傳他有誅王、謝，移晉鼎的打算，王坦之、謝安等嚴陣以待，桓溫也只就前一年冬所謂彭城妖人盧悚率衆突入殿庭一事窮加究治。稍後桓溫生病，病中猶要求朝廷爲其加九錫，王坦之、謝安等延宕其事。是年七月，桓溫死。孝武帝繼位之初的危機期總算有驚無險地過渡了。
謝氏秉政
桓溫雖死，門閥政治的格局依然延續。由於孝武帝年幼，爲了防止桓溫之弟桓衝等譙國桓氏人物繼續專權，謝安在桓溫死後請出孝武帝從嫂崇德太后褚蒜子第三次臨朝聽政。史載：“時天子幼弱，外有強臣，安與坦之盡忠輔衛，卒安晉室。”謝安和王坦之在擁立孝武帝、匡扶晉室的過程中立下大功，自然也得到報償。所以，東晉實權仍由士族門閥把持，只不過由譙國桓氏逐漸轉移到太原王氏和陳郡謝氏手中。
寧康三年（375年）五月，王坦之死，謝安勢力更盛，與桓衝分處中外，形成東晉權力結構的平衡。同年八月，孝武帝大婚，迎娶太原王氏名士王濛的孫女王法慧爲皇后，其弟琅玡王司馬道子也迎娶王坦之的從侄女爲王妃，這不僅使太原王氏的影響力繼續存在於東晉朝廷，也爲孝武帝后期主相相持的政局埋下伏筆。
太元元年（376年）正月初一，孝武帝加元服，崇德太后歸政，謝安以中書監錄尚書事，成爲名副其實的宰相。謝安當權的最大弱點在於沒有可靠的軍事力量作爲支撐。由於對內要防範仍在荊州盤踞的桓衝勢力，對外要對付日益強盛的前秦政權，陳郡謝氏對於武力的需求迫在眉睫。
太元二年（377年），謝安推舉自己的侄兒謝玄爲兗州刺史，鎮守廣陵（今江蘇揚州），兩年後又兼領徐州刺史，駐節北府（今江蘇鎮江）。謝玄在此期間招募劉牢之、何謙、諸葛侃、高衡、劉軌、田洛及孫無終等驍將，整合他們麾下以流民爲主的軍隊，組成了赫赫有名的“北府兵”。北府兵戰鬥力極強，不僅鞏固了陳郡謝氏的勢力，更爲江左華夏政權的存續提供了堅強的保障。
抗秦戰爭
孝武帝自登基以來，就一直面臨氐族政權前秦的威脅，東晉西部的益州和梁州就在寧康元年（373年）冬被前秦攻陷。太元以後，隨着前秦天王苻堅相繼滅掉前涼、代國，完成了對中國北方的統一，對東晉的覬覦之心也就更加強烈。此後秦晉交界的江淮一帶形勢愈發緊張，大戰一觸即發。
太元三年（378年）四月，前秦派苻丕攻打襄陽，荊州刺史桓衝抵禦，孝武帝詔命謝玄發徐、兗、青三州人丁，遣彭城內史何謙遊軍淮泗以爲形援。何謙出兵是北府軍的首次出戰，從此以後，上下游桓、謝軍隊配合，彼此策應，以分前秦兵鋒，形成東晉戰略的一個特點，對於保障最終勝利起了重大作用。同年七月，秦軍也採取東西策應的戰略，秦將彭超請攻彭城，與攻襄陽之苻丕相互呼應。苻堅同意彭超的方略，並從西線分俱難、毛盛等軍自襄陽東略淮陰、盱眙，與彭超等合勢。從此東晉在下游開始受到壓力。到太元四年（379年）正月，襄陽失守，東晉守將朱序被俘，其後彭城、下邳、淮陰、盱眙先後併入前秦，建康告急，形勢對東晉更加不利。
太元四年（379年）六月，北府兵在君川打敗秦軍，前秦勢力被逐於淮北，建康緊急狀態得以解除。儘管西線局勢仍不容樂觀，但君川之捷使北府兵獲得鍛鍊，提高了士氣，爲應付以後主戰場的東移和展開淝水之戰作了必要的準備。翌年幽州爆發苻洛、苻重之亂，苻堅忙於平叛，一時無暇南侵。太元六年（381年）十二月至次年九月，桓衝在荊州與前秦軍屢有戰事，或守或攻，小有收穫。前秦以苻融爲徵南大將軍，籌劃攻晉。太元七年（382年）十月，苻堅將大舉攻晉的計劃公開於羣臣，羣臣大多反對，強調“謝安、桓衝皆江表偉人，君臣輯睦，內外同心”，然而苻堅志在必得，一意孤行，甚至已經安排孝武帝當尚書左僕射，謝安爲吏部尚書，桓衝爲侍中，並在長安給他們修好府邸。
太元八年（383年）五月至七月，桓衝率衆十萬反攻襄陽，分遣劉波等攻沔北諸城，楊亮攻蜀，郭銓攻武當。前秦苻睿、慕容垂衆五萬救襄陽，張崇救武當，張蠔、姚萇救涪城。這是桓衝在淝水之戰前夕爲了減輕建康壓力而採取的一次大規模策應行動，使苻堅南侵之師疲於奔命。謝玄部下廣陵相劉牢之亦於此時遣宣城內史胡彬率衆向壽陽，以爲攻襄陽的桓衝軍聲援，顯示出大敵當前時東晉內部桓、謝兩大門閥的團結。但與此同時，桓衝推薦王薈出任江州刺史，謝安則推出謝輶來當江州刺史，兩方衝突又起，最後謝氏讓步，孝武帝以桓衝自領江州刺史。這反映出門閥之間的潛在矛盾，爲同仇敵愾的表象下增添了不和諧音符。
太元八年（383年）八月，前秦天王苻堅下詔大舉攻晉，試圖統一中國，淝水之戰終於爆發。苻堅親率步兵60萬、騎兵27萬、羽林郎（禁衛軍）3萬，共90萬大軍從長安南下，綿延數千裏，水陸齊進，僅運糧船隻就有萬艘。同時，苻堅又命梓潼太守裴元略率水師7萬從巴蜀順流東下，向建康進軍。苻堅驕狂地宣稱：“以吾之衆旅，投鞭於江，足斷其流。”這就是著名典故“投鞭斷流”的來歷。東晉北上抗擊秦軍的總共兵力才8萬，在宰相謝安的主持下，以謝石爲大都督，謝玄爲前鋒，北府兵爲主力，前往迎戰。當時秦軍前鋒苻堅之弟苻融率30萬大軍首先到達潁口，秦軍初戰告捷，攻佔壽陽，又截斷了東晉派來救援的胡彬軍的退路，將其團團包圍在硤石。苻堅接到捷報大喜，他留大軍於項城，帶輕騎八千趕到壽陽，又派在襄陽俘獲的東晉將領朱序去勸降晉軍。朱序則心懷故國，將秦軍部署和盤托出，並建議趁秦軍未完全集結，迅速出擊。謝石本來是打算堅守不戰，聽了朱序的話後便改變了作戰方針，決定主動出擊。十一月，謝玄派劉牢之率精兵五千強渡洛澗，去攻擊對手的5萬人馬，大獲全勝，斬前秦樑成等10將。洛澗之戰令晉軍信心倍增，謝石繼續揮軍水陸並進，直抵淝水東岸，在八公山邊紮下大營，與壽陽的秦軍隔岸對峙。謝玄見雙方力量對比懸殊，形勢又不容許晉軍曠日持久地打消耗戰，便派使者去秦營，要求秦軍把陣地稍向後退，空出一塊地方，好讓雙方一決勝負。苻堅認爲讓軍隊稍向後退，待晉軍半渡過河時，再以騎兵衝殺，這樣就可以取得勝利，於是就答應了謝玄的要求，指揮秦軍後撤。結果秦軍一後撤就失去控制，陣腳大亂。謝玄率領八千多騎兵趁勢搶渡淝水，向秦軍發動猛攻。朱序這時在陣後乘勢喊叫：“秦軍敗了！秦軍敗了！”秦軍有很多是強徵入伍的，而且由多個民族組成，可謂同牀異夢，人心本來就不穩，朱序這一喊，以爲真的敗了，越發慌亂，爭相逃命，幾十萬軍隊就像山崩了一樣丟盔棄甲的大潰逃。謝玄等乘勝追擊，直至青岡（今壽陽西30裏）。此時，苻融戰死，苻堅中了流矢，單騎北逃，朱序乘亂投奔晉營，東晉獲得淝水之戰的勝利。淝水之戰是中國歷史上以少勝多、以弱勝強的著名戰例，並給後人留下了著名的歷史典故和成語。如“投鞭斷流”、“風聲鶴唳”、“八公山上，草木皆兵”等，一直膾炙人口。
淝水之戰後，東晉趁北方大亂之機，收復了巴蜀及山東河南大片失地，一直打到黃河北面的鄴城。後來由於翟魏、西燕、後燕等胡族政權的反攻加上東晉朝廷的內鬥，東晉在淝水戰後所收復的淮北土地至孝武帝末年又大部喪失。
主相相持
淝水之戰的勝利延續了東晉王朝的命脈，但內部的權力結構卻發生了微妙的變化，隨之而來的則是統治集團的內訌。在門閥政治下隱忍已久的孝武帝司馬曜在前秦南侵期間的太元八年（383年）九月便以胞弟琅玡王司馬道子錄尚書六條事，開始分謝安的權。陳郡謝氏主導了淝水之戰的勝利，卻遭遇功高不賞的窘境。這一是因爲長江上下游的桓、謝矛盾，但該矛盾由於淝水戰後不久桓衝死去、桓氏暫時無人而化解；二是因爲孝武帝、司馬道子代表的司馬氏皇權向士族門閥的挑戰，這是導致謝氏面臨危機的主要原因。當時太原王氏的王國寶等人以“讒諛之計”離間孝武帝與謝安關係，再加上謝安本有名士情結，不願爭權奪利，便作出讓步，於太元九年（384年）八月自請北征，並於翌年四月出居廣陵，八月去世。司馬道子順理成章地成爲揚州刺史、錄尚書事、都督中外諸軍事。隨着謝安被排擠及死去，謝玄也不能自安於北府之任，加以北伐失利和疾病的原因，於太元十二年（387年）正月解除兵權，退就會稽內史，一年後去世，他所節制的徐、青、兗三州也先後被司馬道子（兼領徐州刺史）和譙王司馬恬（青、兗二州刺史）這兩位皇室成員瓜分。謝玄的引退標誌着陳郡謝氏的門閥政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇權的收回。
儘管孝武帝實現了親政，“威權己出”，但他顯然不是一位合格的君主。孝武帝與其弟司馬道子一起沉湎酒色，把宮廷搞的烏煙瘴氣，又信奉佛教，寵幸僧尼，朝政日益昏暗。然而，在孝武帝和司馬道子“酣歌爲務”的表面下，兄弟之間卻潛藏着深刻的矛盾，從而形成了太元后期的“主相相持”格局。主相相持直接表現爲外戚太原王氏內部的矛盾，即孝武帝王皇后出身的王恭一系和琅玡王妃出身的王忱、王國寶一系之間的鬥爭。太原王氏雖繼陳郡謝氏而興，但既無人才亦無事功，不足以制約皇權並維持政局的平衡，只有分別依附司馬氏而貪圖門戶利益，這與此前的門閥政治格局已大不相同。司馬道子成爲宰相後，權勢越來越大，袁悅之更勸司馬道子專攬朝政，王恭乃請孝武帝殺袁悅之。孝武帝託以它罪殺袁悅之於市中，“既而朋黨同異之聲，播於朝野矣”。主相之間的矛盾由於袁悅之被殺而公開化了，這是太元十四年（389年）十一月的事。
太元十四年（389年）六月和太元十五年（390年）正月，鎮江陵的荊州刺史桓石民和鎮京口的青、兗二州刺史譙王司馬恬相繼死去，對上下游的爭奪遂成爲主相相持的焦點。江陵、京口兩藩分別爲王忱和王恭所得，到太元十五年（390年）八月，司馬道子又以其同黨庾楷爲豫州刺史。
太元十七年（392年）十月，王忱病死於荊州刺史任上，激起了孝武帝奪回荊州的努力，東晉政局又爲之一變。司馬道子欲以王國寶繼其弟爲荊州刺史，孝武帝自然不樂見荊州這塊肥肉落入司馬道子手中，他迅速採取行動，不經司馬道子所控制的吏部銓選，以“中詔”任命心腹近臣殷仲堪爲荊州刺史。與此同時，孝武帝還任命“以才學文章見暱”的郗恢代替以老病退的朱序爲雍州刺史，鎮守襄陽。透過這一系列的人事變動，孝武帝在主相相持中佔了上風。
戲言被弒
孝武帝的皇后是“嗜酒驕妒”的王法慧，她在太元五年（380年）去世，此後孝武帝未再立後，而是寵幸淑媛陳歸女和張貴人。太元二十一年（396年）九月二十日，孝武帝在後宮清暑殿中與張貴人一起喝酒。孝武帝喝高了，對張貴人開玩笑說：“你年近三十，美色大不如前，又沒生孩子，白佔着一個貴人的名位，明天我就廢了你，另找個年輕貌美的姑娘。”張貴人聽了後內心妒火中燒，而爛醉如泥的孝武帝毫無察覺，玩笑越開越厲害，張貴人遂起殺心。她先讓孝武帝周邊的宦官們也喝醉，等孝武帝和宦官們紛紛醉倒睡去後，她召來心腹宮女，乘孝武帝熟睡之際，用被子把睡夢中的孝武帝給活活捂死了。
隨後，張貴人謊稱皇帝於睡夢中“魘崩”。中書令王國寶深夜前來，叩打禁宮的大門，打算進去替皇帝撰寫遺詔，被王恭之弟侍中王爽阻止。而當時司馬道子（已徙封會稽王）也終日聲色犬馬，由其子司馬元顯執政，這對父子原本就站在孝武帝的對立面，正當主相相持中被孝武帝一方壓制，對孝武帝之死求之不得，因而對張貴人不予追究。皇太子司馬德宗即位，是爲晉安帝，晉安帝的智力殘疾程度甚於晉惠帝，自然也不會追究父皇之死。史學家呂思勉懷疑孝武帝以酒後戲言而被張貴人所弒乃真兇散佈的謠言，但他被宮人弒殺應屬無疑，從而暗示孝武帝之死很可能是司馬道子父子及其黨羽王國寶等人策劃的陰謀。
司馬曜死後，諡號孝武皇帝，廟號烈宗，與孝武定皇后王法慧共葬於隆平陵（今南京鐘山之梅花山）。
政治
孝武帝當政的最大亮點就是皇權的恢復。自司馬睿開國江左、與琅琊王氏“共天下”以後，東晉皇帝“雖有南面之尊，無總御之實，宰輔執政，政出多門，權去公家，遂成習俗”，這就是所謂的門閥政治。七十年來，琅琊王氏、潁川庾氏、譙國桓氏、陳郡謝氏相繼粉墨登場，左右朝政，架空皇帝。孝武帝之父簡文帝司馬昱臨終時，甚至都萌生了放棄天下、讓與桓溫的念頭，可見司馬氏皇權已跌落到最低點。孝武帝即位後，謝安爲代表的陳郡謝氏當國，孝武帝也只能“富於春秋，政不自己”。淝水之戰後，孝武帝展開了對皇權的伸張，幾乎不費吹灰之力，就在短短几年間排擠了陳郡謝氏，成功實現了“威權己出”。孝武帝之所以能迅速衝破門閥政治的格局而恢復皇權，主要原因並不在於他自己的能力和才幹，而是因爲士族門閥日趨沒落，到此時人才已凋零殆盡。正如史學家祝總斌所說：“掌握東晉政治軍事大權的進階士族開始有王導、王敦，其後有庾亮、庾冰，再後有桓溫，而到孝武帝時，卻沒有這樣一些可以左右政局使君主俯首聽命的人物了。”坐鎮荊州的桓衝沒有其兄的能力與威望，且在淝水戰後不久死去；謝安雖對淝水之戰的勝利立下汗馬功勞，但在戰後就屢遭讒毀，處於功高不賞的尷尬境地，再加上他本人仍不失名士風骨，不願兵戎相見，遂主動交出權力。孝武帝正是抓住了士族門閥無人的機會，恢復皇權終見成效。
孝武帝伸張皇權，主要依靠的是胞弟琅玡王司馬道子，他任用司馬道子來取代謝安的地位，進而鞏固了司馬氏的皇權。孝武帝對於另一宗室譙王司馬恬也“深杖之”。此外，孝武帝還大力提拔儒學寒士，以排擠玄學士族，代表人物有徐邈、範寧、王雅、車胤等。孝武帝恢復皇權，爲時人所矚目，如範弘之致司馬道子箋中說：“晉自中興以來，號令威權多出強臣，中宗（元帝司馬睿）、肅祖（明帝司馬紹）斂袵於王敦，先皇（簡文帝司馬昱）受屈於桓氏。今主上親覽萬機，明公（司馬道子）光贊百揆，政出王室，人無異望……”。劉波上孝武帝疏則言：“往者先帝以玄風御世，責成羣后，坐運天綱，隨化委順，故忘日計之功，收歲成之用。今禮樂征伐自天子出，相王（司馬道子）賢俊，協和百揆，六合承風，天下響振……”。可見孝武帝確實達到了“親覽萬機”、“禮樂征伐自天子出”的目標。
但是，孝武帝和司馬道子並未能妥善運用權力，反而因其貪圖享樂、沉溺酒色而使朝政日益昏暗。史稱其時“會稽王道子傾弄朝權，其所樹之黨，貨官私獄，烈祖（孝武帝）昏迷，不聞司敗，晉之綱紀大亂焉。”另一方面，孝武帝和司馬道子之間的矛盾日益加深，雙方以其親信搶奪地盤，形成“主相相持”的局面，儘管如此，正如史學家田餘慶所言：“但有太后（李陵容）周旋制約，終於使孝武帝不廢黜道子，道子亦不危及孝武帝。終太元之世，孝武帝與道子始終維持着雖相依維、復有矛盾的關係，這種關係，正是時局雖然紛壇坦迄無內戰的原因之一。”然而，隨着孝武帝突然遇弒，繼位的晉安帝是智障人士，權力遂盡歸道子父子，孝武帝遺留的矛盾迅速升級，加上桓玄爲代表的士族門閥捲土重來、孫恩爲代表的道教勢力勃然興起，很快引發了東晉末年的一連串內亂與混戰，最後司馬氏皇權與士族門閥在戰亂中同歸於盡。
經濟
孝武帝時，在經濟上實行了賦役改革。西晉時行佔田課田制，無論田之有無多少，一律按一夫五十畝計稅，共收田租四斛。東晉成帝年間，又改以田畝爲準，丈量百姓之田，按一畝三升徵稅。到了孝武帝太元二年（377年），又依據形勢變化，恢復了西晉以人丁爲準的賦稅方法，王公以下每口徵稅三斛，在役之人不交稅。爲了保證稅源，太元年間還“蒐簡民實，三吳頗加澄檢，正其裏伍”。透過這次賦役整頓，東晉經濟大有改觀。史載：“至於（太元）末年，天下無事，時和年豐，百姓樂業，谷帛殷阜，幾乎家給人足矣”。
文化
孝武帝與乃父簡文帝提倡玄學不同，而是標榜儒學。寧康三年（377年）九月開講《孝經》，尚書僕射f謝安侍坐於旁，尚書陸納伴講，侍中卞耽伴讀，黃門侍郎謝石、吏部郎袁宏手執經書，中書侍郎車胤與丹陽尹王混選取文句，爲當時的一大文化盛事。孝武帝還親行釋奠禮，後又試圖恢復明堂郊祀之禮。太元九年（384年），尚書謝石奏請恢復國學，與已有之太學並立，得到孝武帝批准，於太元十年（385年）二月立國學（國子學），命公卿子弟入學，同時還在國學西側修建“夫子堂”，開廟學合一之先河。此後國學一直延續，並演變爲國子監，成爲歷代之最高學府。太元十一年（386年）八月，孝武帝加封孔子後裔孔靖之爲奉聖亭侯，並創建“宣尼廟”以供其奉祀孔子。孝武帝時期在建康創建的孔廟是曲阜闕里之外建立孔廟的濫觴。孝武帝尊儒興學的舉措，也是與政治上恢復皇權相配套的，不過收效不是很好，國子祭酒殷茂上疏稱：“自學建彌年，而功無可名。憚業避役，就存者無幾；或假託親疾，真僞難知，聲實渾亂，莫此之甚”，請求孝武帝加以整飭。孝武帝雖採納他的意見，但未見舉措。
孝武帝還實施弘揚佛教的文化政策。司馬曜是漢族王朝第一個公開信佛的皇帝，他在寧康三年（375年）遣使請高僧竺法義“出都講說”，太元六年（381年）正月“初奉佛法，立精舍於殿內，引諸沙門以居之”。在《高僧傳》、《廣弘明集》等文獻中，儲存了孝武帝所頒發的《俸給釋道安詔》、《詔賻竺道潛》、《詔賻竺法汰》、《與朗法師書》等文書，反映了孝武帝與高僧大德們的密切關係。孝武帝還修建皇泰寺，捐獻潛邸爲本起寺。由於孝武帝對佛教的扶持，佛教勢力得到了相當大的發展。一些佛教徒也得到孝武帝的寵幸，進而影響朝政，史載“姏姆尼僧，尤爲親暱，並竊弄其權”。
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