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管理處:昆明東管理處、昆明西管理處、大理管理處、保山管理處、昭通管理處、文山管理處、普洱管理處紅河管理處。
公路建設指揮部:雲南大麗高速公路建設指揮部、南武昆高速公路建設指揮部、雲南保騰高速公路建設指揮部、雲南麗江機場公路建設指揮部、雲南楚廣公路建設指揮部、雲南普宣公路建設指揮部、雲南昭會公路建設指揮、雲南待功公路建設指揮部、雲南龍瑞高速公路建設指揮部
養護、維護中心:滇東高速公路養護中心、滇西高速公路養護中心、滇南高速公路養護中心、交通機電工程維護中心、公路試驗檢測中心、公路文化走廊建設、滇西公路文化走廊、滇南公路綠色生態走廊。